Tal día como hoy, de hace 209 años, comenzó la batalla de Bailén, que duró hasta el 21 de julio. Era la primera vez, desde el asedio de Génova en 1800, que un ejército francés se rendía al enemigo: 23 mil soldados y 500 carromatos cargados de botín. El ejército del general Dupont venía de sojuzgar y saquear Córdoba. Pero no de pacificarla, como era el objetivo del plan ideado por Napoleón: columnas rápidas que conquistasen las principales capitales de un país que estaba en armas desde mayo. En julio de 1808, había desplegados en España 80 mil soldados imperiales. 24 mil estaban con Dupont, veterano de Austerlitz y Jena, acuartelados sobre el Alto Tajo. En junio, recibió la orden de tomar Córdoba, Sevilla y Cádiz con 13 mil de sus hombres; otras cuatro de estas columnas rápidas francesas ocuparían Santander, Zaragoza, Valencia y la ruta, esencial, que conectaba Madrid, Burgos y Bayona. Dupont tomó Córdoba y la ciudad sufrió un terrible expolio, pero los franceses no pudieron retenerla, y retrocedieron hasta Andújar.
El resto de generales destacados por el Emperador fracasaron también en sus misiones. España era demasiado escarpada, demasiado áspera y demasiado hostil; el grueso del ejército francés era demasiado bisoño, estaba desmotivado y había sido reclutado a la ligera, entre franceses cada vez más jóvenes y aliados sin experiencia de combate. Napoleón estimaba el ejército regular español en alrededor de 100 mil hombres, pero despreció las partidas de campesinos, bandoleros, convictos, sacerdotes y oficiales retirados que se estaban uniendo a los levantamientos populares. Relevado Murat del mando supremo de las fuerzas peninsulares por Savary, el mariscal Bessières derrotó a un ejército combinado angloespañol en Medina del Río Seco. La guerra era ya de exterminio, con toda la crudeza de una guerra patriótica que los franceses pronto revivirían en Rusia.
La victoria en el noroeste liberó contingentes con los que reforzar a Dupont en el sur. Napoleón expidió a José hacia Madrid con dos tareas: coronarse rey de España y coordinar la conquista de Sierra Morena. «Si el enemigo logra mantener en su poder los desfiladeros de Sierra Morena, resultará sumamente difícil expulsarle de allí». Todo el territorio entre Sevilla y Despeñaperros estaba en ebullición contra el francés. Tres veteranos de las guerras contra los revolucionarios franceses organizaron, por cuenta de la Junta Suprema de Sevilla, un cuerpo de ejército compuesto por 30 mil hombres, entre soldados regulares y milicianos: el general Castaños, madrileño de ascendente vizcaíno, el marqués de Coupigny, un aristócrata francoespañol, y Teodoro Redding, un militar hispanosuizo. Dupont no recibió los 23 mil soldados prometidos por Napoleón en su carta a José. En su lugar se presentó el general de división Vedel, con 13 mil. Perdiendo un tiempo precioso en la llanura de Andújar, Dupont decidió replegarse hacia Madrid, asustado por las noticias que hablaban de que un contingente español había bloqueado la ruta de acceso entre Sierra Morena y la meseta. Retirándose con mucha lentitud a causa del botín cordobés y de 1500 heridos y enfermos que lo lastraban, dividió su columna destacando a Vedel con 10 mil de sus soldados para que custodiara los puertos de Sierra Morena: el 18 de julio había 48 kilómetros de separación entre la vanguardia y la retaguardia francesa. En ese hueco metió Castaños a 17 mil soldados y 16 cañones, saltando desde las montañas y ocupando Bailén. Tras dos días de asaltos continuados de Dupont y ridículos movimientos de aproximación de Vedel, Dupont capituló, entregando a los españoles 18 mil de sus soldados.
El 3 de agosto, Napoleón, enfurecido, culpaba a Dupont en una carta a su ministro de la Guerra: «Envío estos informes para ti personalmente. Léelos con un mapa en la mano y comprobarás que no ha ocurrido nada más estúpido, más insensato ni más cobarde desde que empezó la guerra. Del informe de Dupont se desprende que todo ha sido consecuencia de su inconcebible incompetencia». Tras la firma de las Capitulaciones de Andújar, el 23 de julio Dupont y sus franceses rendían 3 águilas, 4 banderas y 1 estandarte: 2 águilas de la Guardia de París y una del Regimiento suizo; 4 banderas del Regimiento Suizo y 1 estandarte de la Brigada Fressia. Todos estos trofeos fueron ofrendados por Castaños a Fernando III de Castilla y León, llamado el Santo, y depositados junto a su tumba en la Real Capilla de la catedral de Sevilla. De allí fueron recuperados por José Bonaparte, ya José I de España, dos años después, y enviados a París, donde serían destruidos en 1814, antes de la entrada en la capital de los prusianos. Fueron apresados además 15 generales franceses y 467 oficiales, todos liberados bajo palabra de honor. 2600 soldados imperiales resultaron bajas: 2200 de ellos, muertos en combate. Antes de invadir España, Napoleón afirmaba despreocupado que si pensase que la campaña le iba a costar 80 mil soldados, no lo intentaría, pero que las bajas no pasarían de 12 mil. Cuando abandonó la empresa, en 1813, había perdido un cuarto de millón de soldados.